Una nueva etapa socioeconómica comenzó en las primeras décadas del siglo XIX. El número de pericúes decreció drásticamente y, en contrapartida, se establecieron inmigrantes españoles, mineros, comerciantes y marineros.
Bajo estas condiciones, el propósito de la misión dio un giro hacia la actividad agrícola y ganadera. Para 1824, la región comenzó a funcionar como ayuntamiento y, en 1830, mediante un decreto del gobernador Mariano Monteverde, San José del Cabo se convirtió de misión a pueblo.
Durante la guerra entre México y Estados Unidos de 1846 a 1848, la marina norteamericana invadió y alzó su bandera sobre el suelo bajacaliforniano. Para defender el territorio, fue elegido el ilustre Josefino Mauricio Castro Cota, jefe político de la Baja California.
En uno de los combates, la noche del 19 de noviembre de 1847 en San José del Cabo, se inició una batalla comandada por el teniente José Antonio Mijares, Vicente Mejía y José Matías Moreno contra el pelotón al mando del teniente Charles Heywood. En esa contienda en el centro del pueblo, José Antonio Mijares cayó gravemente herido y falleció al día siguiente.
En la segunda mitad del siglo XIX, San José del Cabo consolidó su progreso alcanzando el rango de villa. La agricultura —a través de la industria de la caña de azúcar y la ganadería, sobre todo la vacuna— fortaleció el comercio náutico de altura y el cabotaje, lo que derivó en aumento de población y nuevos sectores sociales.
Durante esa etapa, el gobierno local puso en marcha servicios públicos tales como educación, correos, alumbrado, seguridad y limpieza.
